#tk:
Ngoại trừ một số con sông nhỏ ở phía tây nam, hầu hết các con sông và hệ thống sông tại Campuchia đều đổ vào Tonle Sap hay sông Mê Kông. Phnom Kravanh và dãy núi Damrei tạo thành một đường phân nước. Ở phía đông, các công sông đổ nước vào Tonle Sap, trong khi các con sông ở sườn tây chảy ra vịnh Thái Lan. Tuy vậy, ở phía cực nam của dãy Damrei, do ảnh hưởng của địa hình, một số con sông nhỏ chảy về phía nam và lệch sang phía đông của đường phân nước.
Từ biên giới Campuchia-Lào, sông Mê Kông chảy theo hướng nam đến điểm dưới thành phố Kratie, tại đây, sông chảy 50 km về phía tây và sau đó theo hướng tây nam đến thủ đô Phnom Penh. Ở phía trên Kratie, dòng sông có nhiều thác ghềnh, còn từ Kampong Cham, dòng sông khá hiền hòa, và khu vực hai bên bờ sông thường bị ngập lụt vào giai đoạn từ tháng 6 đến tháng 11. Tại Phnôm Pênh, bốn dòng nước gặp nhau ở một điểm gọi là Chattomukh (Bốn mặt). Sông Mê Kông chảy từ hướng đông bắc xuống và sông Tonle Sap nối với Tonle Sap ở tây bắc. Chúng hợp lưu rồi phân ngay thành 2 dòng nước là sông Mê Kông (tức sông Tiền) và sông Basak (sông Hậu), và chảy độc lập với nhau qua vùng đồng bằng châu thổ tại Campuchia và Việt Nam rồi đổ ra Biển Đông.
Lưu lượng nước vào Tonle Sap là tùy thuộc theo mùa. Vào tháng 9 hay tháng 10, dòng chảy của sông Mê Kông, được cấp thêm từ các trận mưa do gió mùa, tăng lên đến điểm mà các dòng chảy qua đồng bằng không thể chứa được nữa. Lúc này, dòng nước bị đẩy về phía bắc theo sông Tonle Sap và đổ vào the Tonle Sap, do đó làm tăng kích thước của hồ từ khoảng 2.590 km² đến khoảng 24.605 km² vào cao điểm mùa lũ. Sau khi nước sông Mê Kông lên đến đỉnh và các dòng chảy phía hạ du có thể chứa được dung tích nước, dòng sông đảo ngược và chảy từ hồ ra sông.