Vai trò của giao phối cận huyết và tự thụ phấn trong chọn giống:
- Củng cổ và duy tri một số tính trạng mong muốn, tạo dòng thuần (có các cặp gen đồng hợp), thuận lợi cho sự đánh giá kiểu gen từng dòng
- Phát hiện các gen xấu để loại ra khỏi quần thể do tạo thành các thể đồng hợp giúp gen lặn biểu hiện ra kiểu hình
Ở nhiều loài sinh khi tự thụ tạo ra các kiểu gen đồng hợp lặn nhưng kiểu gen này không gây hại cho vi sinh vật nên không gât ra hiện tượng thoái hóa giống
Giao phối cận huyết dẫn tới hậu quả tăng tỷ lệ thể đồng hợp tử, trong đó, các gen lặn có hại có nhiều điều kiện để biểu hiện.
- Điều này thường dẫn tới hiện tượng giảm đa dạng sinh học của quần thể (gọi là thoái hóa giống) dẫn đến giảm khả năng tồn tại và thích nghi của nó.