Cuộc khởi nghĩa Hương Khê có thể chia thành hai giai đoạn chính trong thời gian hoạt động, cụ thể như sau
Giai đoạn I (1885-1888): Nghĩa quân tập trung chuẩn bị và xây dựng lực lượng Đầu năm 1887, Phó tướng Cao Thắng nhận trách nhiệm chỉ huy, Phan Đình Phùng ra bắc tập kết lực lượng khi nhận thấy lực lượng nghĩa quân suy yếu Giai đoạn này cuộc khởi nghĩa Hương Khê chủ yếu tập trung chiêu tập binh sĩ, huấn luyện nghĩa quân, trang bị vũ khí cùng với việc củng cố căn cứ ở vùng rừng núi Nghĩa quân chế tạo súng trường theo mẫu Pháp Giai đoạn II (1889-1896): Thời kí chiến đấu quyết liệt và hết mình của nghĩa quân Lãnh đạo Phan Đình Phùng từ Bắc Kì trở về trong tháng 9 năm 1889. Cuộc khởi nghĩa Hương Khê lúc này đã có khoảng ngàn lính. Nhờ Cao Thánh chỉ huy mà lúc này đã có 500 khẩu súng tốt. Nhận thấy công cuộc khởi nghĩa đã được chuẩn bị chu đáo, Phan Đình Phùng quyết định mở rộng đìa bàn khắp bốn tỉnh Nghệ An, Thanh Hóa, Quảng Bình và Hà Tĩnh = > Làm cản trở quá trình thôn tính và đàn áp nhân dân ta của thực dân Pháp. Đối phó với hành động này, quân Pháp bố trí nhiều đồn lẻ phong tỏa khu vực nhằm cản trở hoạt động của nghĩa quân Hương Khê. Chỉ tính riêng ở Hương Khê đã có 20 đồn với 30 lính canh tại mỗi đồn Quân Pháp bị đánh trả, tập kích suốt một vùng rộng lớn từ Nghi Lộc, Thanh Chương đến Diễn Châu, Yên Thành. Cuộc khởi nghĩa Hương Khê trong giai đoạn này đã tổ chức được 28 trận lớn nhỏ. Từ năm 1889, nghĩa quân Hương Khê liên tục mở các cuộc tập kích đẩy lùi nhiều trận càn quét, đồng thời cũng chủ động tấn công với nhiều trận thắng như trận công đồn Trường Lưu vào tháng 5 năm 1890, trận tập kích tại thị xã Hà Tĩnh vào tháng 8 năm 1892. Sau nhiều trận thất bại, đầu năm 1892 thực dân Pháp mở nhiều cuộc càn quét, đặc biệt là trận càn quét vào khu Hói Trùng và Ngàn Sâu vốn là căn cứ của tướng Cao Thắng. Nghĩa quân tiến đánh đồn Trung Lễ vào ngày 7 tháng 3 năm 1892. Nguyễn Hữu Thuận tiến đánh huyện Thanh Hà và bắt sống tri huyện, còn Cao Thắng cho quân giả lính khổ xanh bắt sống Đinh Nho Quang. Nguyễn Hữu Thành đã chỉ huy nghĩa quân Hương Khê đánh phá nhà lao và giải cứu được hơn 70 nghĩa sĩ bị cầm tù vào ngày 23 tháng 8 năm 1892. Tháng 11 năm 1893, Cao Thắng cùng 1.000 quân tấn công vào Nghệ An, tuy nhiên Cao Thắng bị thương rồi hy sinh gây tổn thất lớn cho nghĩa quân. Lợi dụng cơ hội này, quân Pháo siết chặt vòng vây, nghĩa quân cố gắng đánh trả nhưng thế lực suy yếu dần. Ngày 17 tháng 10 năm 1894, nghĩa quân giành thắng lợi trong trận chiến ở núi Vụ Quang. Ngày 28 tháng 12 năm 1895, Phan Đình Phùng bị thương nặng rồi hy sinh. Những thủ lĩnh cuối cùng một phần bị tử trận, phần không chịu được quá lâu nơi rừng sâu nước độc, hoặc bị bắt rồi giết. Đến đây, khởi nghĩa Hương Khê tan rã.
Vì sao cuộc khởi nghĩa Hương Khê thất bại là câu hỏi được nhiều người quan tâm, dưới đây là một số nguyên nhân chính:
Mặc dù là tập kết nhiều nghĩa sĩ trên 4 vùng rộng lớn, thế những cuộc khởi nghĩa Hương Khê vẫn chưa liên kết và tập hợp được lực lượng với quy mô lớn trên toàn quốc Sự hạn chế vì khẩu hiệu chiến đâu, sự chênh lệch về vũ khí, đạn dược Tương quan lực lượng quá chênh lệch giữa ta và địch Ý nghĩa của cuộc khởi nghĩa Hương Khê Cuộc khởi nghĩa Hương Khê đã để lại nhiều bài học và kinh nghiệm sâu sắc Có ý nghĩa lớn lao trong sự nghiệp giải phóng dân tộc.Khởi nghĩa Ba Đình:
* Căn cứ Ba Đình thuộc huyện Nga Sơn tỉnh Thanh Hóa.
* Người lãnh đạo: Phạm Bành, Đinh Công Trán
* Thành phần nghĩa quân bao gồm cả người Kinh, người Mường và người Thái tham gia
*Diễn biến:
- Cuộc chiến đấu bắt đầu quyết liệt từ tháng 12/1886 đến 1/1887.
- Khi giặc Pháp mở cuộc tấn công quy mô vào căn cứ , nghĩa quân đã anh dũng cầm cự trong suốt 34 ngày đêm đẩy lùi nhiều cuộc tấn công của giặc .
- Cuối cùng để kết thúc cuộc vây hãm quân giặc liều chết xông vào chúng phun dầu, thiêu trụi các lũy tre , triệt hạ và xóa tên ba làng trên bản đồ hành chính
*Kết quả:Nghĩa quân phải mở đường máu rút lên Mã Cao thuộc Miền Tây Thanh Hóa, tiếp tục chiến đấu thêm một thời gian rồi tan rã.
Khởi nghĩa Bãi Sậy:
*Người lãnh đạo: Nguyễn Thiện Thuật .
* Căn cứ: Bãi Sậy ( Hưng Yên)
* Địa bàn: Dựa vào vùng lau sậy um tùm và đầm lầy thuộc các huyện Van Lâm, Văn Giang, Khoái Châu, Yên Mĩ nghĩa quân đã xây dựng căn cứ kháng chiến và triệt để áp dụng chiến thuật du kích đánh địch.
* Diễn biến :-Trong những năm 1885-1889 TDP phối hợp với lực lượng tay sai do Hoàng Cao Khải cầm đầu mở cuộc tấn công quy mô vào căn cứ nhằm tiêu diệt nghĩa quân.
-Sau những trận chống càn liên tiếp, lực lượng nghĩa quân bị suy giảm và rơi vào tình thế bị bao vây, cô lập.
- Cuối năm 1889, Nguyễn Thiện thuật sang Trung Quốc, phomg trào tieps tục một thời gian rồi tn rã.
* Kết quả:Cuộc khởi nghĩa bị thất bại