Trong chiến tranh, việc chủ động tiến công và lấy ít đánh nhiều thì vấn đề lợi dụng địa hình đóng vai trò rất quan trọng. Trần Quốc Tuấn dày dạn kinh nghiệm chỉ huy, soạn sách Binh thư yếu lược, ông hẳn đã thấy rõ vị trí hiểm yếu của khu vực sông Bạch Đằng. Đạo quân thủy của địch rút lui qua đây dù có đề phòng cẩn thận, chuẩn bị sẵn sàng, cũng dễ bị quân dân ta dồn vào một khu vực hết sức bất lợi. Thủy binh và bộ binh của ta mai phục từ các nhánh sông, các dãy núi và cánh rừng ven sông có điều kiện thuận lợi để nhanh chóng đổ ra bao vây và hiệp đồng chiến đấu tiêu diệt địch.
Quãng sông Bạch Đằng nơi được chọn làm điểm quyết chiến, là một khu vực hiểm yếu, có đủ những điều kiện cần thiết đáp ứng được yêu cầu bố trí 1 trận địa mai phục trên sông với quy mô lớn. Địa hình khu vực này với sông sâu và rộng, rừng núi sát ven bờ, nhiều lạch thoát triều và bãi triều, nhiều nhánh sông đổ vào, nước triều lên xuống rất mạnh. Chính vì thế nên trước đây thuyền xuôi Bạch Đằng ra biển gặp khi triều xuống thường phải rẽ theo đường sông Chanh mà ít qua ghềnh Cốc ra cửa Nam Triệu. Sông Chanh, chi lưu lớn của sông Bạch Đằng, chảy qua huyện Yên Hưng, là đường ngắn nhất và là tuyến giao thông đường thủy quan trọng đi ra vịnh Hạ Long ở miền Đông Bắc. Khi chuẩn bị chiến trường, ghềnh Cốc đã khiến Trần Quốc Tuấn phải chú ý. Ông đã lợi dụng địa hình thiên nhiên này, sử dụng ghềnh Cốc như là một chiến lũy ngầm, chặn địch lại, tạo điều kiện cho thuyền chiến của ta ngăn chặn con đường tháo chạy của địch ra cửa Nam Triệu.
Sau khi trực tiếp đi xem xét, nghiên cứu kỹ địa hình, Trần Quốc Tuấn đã chọn vùng thượng lưu sông Bạch Đằng làm trận địa quyết chiến. Để tăng thêm lợi thế của trận địa mai phục, ông đã kế thừa truyền thống của Ngô Quyền và Lê Hoàn trong kháng chiến chống quân Nam Hán (938) và quân Tống (981), đã cho đóng cọc gỗ nhằm thực hiện ý đồ chiến lược: chặn đứng và tiêu diệt toàn bộ đạo quân thủy của địch.